С двух сторон
Если выражение близко по значению к выражению «в сущности говоря» и не связано грамматически с другими словами предложения (к нему нельзя поставить вопрос от другого слова), то нет смысла спорить, нужна ли запятая, – разумеется, нужна!
- Он же, по сути, еще ребенок.
- Мы шли, по сути, наобум.
Перед фразой
Только перед вводным словом «по сути» (но не после него) ставится запятая в том случае, если оно находится в начале обособленного причастного или деепричастного оборота.
- Мы тащились в пробке, по сути уже опаздывая на совещание.
- Пришлось остановиться в доме друга, по сути еще не достроенном.
После фразы
1. Только после вводного слова (но не перед ним) ставится запятая, если оно находится в конце обособленного оборота.
- Это была деревня, уже совсем заброшенная по сути.
- Там жил старик, никому не нужный по сути.
2. Не ставится запятая перед вводным словом «по сути», но ставится после него, если оно следует за союзом «а» или присоединительным в начале предложения.
- И по сути, он внес огромный вклад в мою работу.
- А по сути, зачем он вам?
Запятая не нужна
Если можно поставить вопрос от какого-нибудь слова предложения к выражению «по сути», ответ на вопрос, где ставить запятую, такой: нигде. Запятая в этом случае не нужна. Выражение «по сути» означает «по самому существенному вопросу» или «в целом».
- Возражайте по сути вопроса, а не вообще!
- По сути высказывания мы можем судить об интеллекте говорящего.